科研动力

我们在平时的科研中会经常用到 PubMed，很多人认为只要期刊能被 PubMed 收录，就代表该期刊的质量会令人满意，其发表的文章质量也会较高。 有人还会认为 PubMed 搜索到的学术文章质量要比谷歌学术中搜索到的文章质量要高不少档次。毕竟 谷歌学术基本上什么样的文章都能搜索到，其搜索结果中有很多垃圾文章 。 其实都不尽然，PubMed 的搜索结果中也会有不少质量不高的文章，因为其纳入的期刊也有许多办刊质量不佳的期刊。究其原因，这还要从 PubMed 收录期刊范围说起。 原因 MEDLINE，EMBASE，PubMed，PMC，OVID的区别和联系 一文中曾经说过， PubMed 是一个免费的搜索引擎，是 NLM 所属的国家生物技术信息中心（ NCBI ）于2000年4月开发的。它的数据库来源有：MEDLINE、OLDMEDLINE、Record in process、Record supplied by publisher 等，数据类型有期刊论文、综述以及与其他数据库链接。其核心主题为医学，但亦包括其他与医学相关的领域，像是护理学或者其他健康学科。它同时也提供对于相关生物医学资讯上相当全面的支援，像是生化学与细胞生物学。所以 PubMed 收录期刊的范围要远大于 MEDLINE。 另外 PubMed 中收录的期刊也并非全是 SCI 期刊。这两个数据库也不同，PubMed 收录的期刊范围与 SCI 有重复，包含 SCI 期刊中的生物医学部分，但是又远大于 SCI 期刊的数量。究其原因，一方面是因为 PubMed 是免费的数据库，免费收录和查询期刊文章。但是 SCI 是收费的数据库。两者的着重点不一样。 因此综上所述，PubMed 中的一些期刊质量也不怎么样，其论文水平也值得商榷。 解决方法 虽然现在影响因子不是判断一个期刊唯一标准， 除了影响因子还有很多指标可以评判期刊或论文 。但是影响因子高的期刊其研究质量也会差不了哪去。我们认为一般 5 分以上的期刊其文章质量就很不错了，所以如果 PubMed 可以显示期刊的影响因子那就很好了。 但是上面说了，一个是免费的数据库，一个是收费的数据库。所以 原生的 PubMed 是不会显示影响因子的。如何提高 PubMed 检索结果的文献质量？这就需要变通，方法大致以下几种。 1. 借助插件 科研动力也曾经介绍过一些浏览器...

现在 PubMed 数据库越来越大，在浩如烟海的文献中如何找到自己最需要的文献越来越麻烦。 PubReMiner 是一个很好用的工具，不仅可以 利用 PubReMiner 汇总分析 PubMed 查询结果提高查询效率 ，另外还可以为论文选择可投期刊，查找某一研究领域的专家，并且还可以确定某一专家的研究方向。但是有许多人还是对 PubReMiner 不是太清楚，科研动力本文介绍一下 PubReMiner 常见的问题。 PubMed 数据库现在越来越大。在 PubMed 中检索时，可能得到很多的结果。但是这些结果可能并不是自己全部需要的。因此就需要对检索结果进行筛选，通过增加或变换检索词限制检索条件。但是改变哪些检索词更有效有些人可能不清楚。 PubReMiner 就是这样一个工具。可以先进行模糊搜索，之后通过增加/删除检索词/作者/期刊引导用户进行检索。检索词/作者/期刊以降序排列，因此可以清晰的了解哪些检索词才是最佳的组合。 另外还可以看到发表该类文章最多的期刊，在投稿的时候有助于选择命中率高的期刊。还能看到发表此类文章最多的专家，不仅在选择审稿人时有目的性，而且还能得出大牛的研究方向面获得研究思路。 使用方法 PubReMiner 可以利用 PubMed 的检索式就能检索。如果不会写检索式，可以利用 PubMed 的高级检索方法，最后得到的检索式 PubReMiner 也可以识别。详见： 利用 PubReMiner 汇总分析 PubMed 查询结果提高查询效率 。 当然也可以直接在 PubMeder 中直接输入检索词，但是这样可能会导致检索结果过多，而 PubReMiner 对检索结果有数量要求，一次最多只能处理 1 万个文献。因此如果检索式太简单，检索结果又更多时，会超出 PubReMiner 的处理能力。因此对于热门研究，建议检索式最好更具体一些，不然结果太多会报错。 当提交检索式的时候，PubReMiner 可以处理检索要求，并把结果以频率表的形式显示，以关键词出现的次数多少降序排列。比如我们检索一下最近两三年闹的挺凶的埃博拉病毒，在检索框中输入「Ebola virus」可以得到 3075 篇文献，此时需要把「Absract Limit」调成显示「10000」篇才能正常处理。 可以看到 PubReMiner 把检索结果根据不同的条件进行了降序排...

最近偶然看到一则科技新闻，说是科学家发现了第六种味道「肥」，立即在Google上搜索了一翻，但是多数新闻是中文新闻，而且最可能的原始出处是 新华网 。 新华网大致的意思是目前为科学界普遍认同的只有酸、甜、苦、咸、鲜五种，但美国珀杜大学科学家新近确认出第六种味觉——肥。有兴趣的童鞋可以上看上面给出的链接。 但是这些所有的新闻都不有给出参考文献，也没有明确指出到底是谁研究，哪个单位的学者研究的。这点相比于英文新闻来说就有点不太地道，至少给读者一个原文文献的链接，让读者自己分辨一下吧。不能记者说啥就是啥啊，因为这是有 巧克力能减肥 的前车之鉴啊。 对于这个问题，我存着好奇的态度，想看看这个原文到底是什么。 科研动力 曾经发过一文 如何通过外文文献一句话找到原文 ，但那是利用文中的英文查找原始文章出处的。但是现在又全是中文，没给出原始全文，甚至报道的很含糊，只提到但美国珀杜大学科学家研究发现新味道肥。那如何根据中文报道找出英文原文的出处呢？好吧，让我们来动手找找看吧。 利用中文报道找出英文原始文献出处 根据这个报道，我们推测是生物学研究，生物学研究最著名的数据库当然是 PubMed 了。那就好，我们先在 PubMed 里找找。 首先根据中文报道提取关键词，其实这则新闻里的关键词就两个，一个是肥，一个是味道。 因为PubMed不能检索中文，只能检索英文。那就把关键词翻译成英文再查找。 肥的英文释义一般是fat，当然这个词很可能比较口语化，在科学研究论文中可能不常用。但是这到不用担心，因为PubMed有个好处是可以把意思相近的词都能自动替换，你输入fat检索PubMed也能认识。味道一般就是taste了。 好了，在 PubMed里输入这两个关键词进行查找 ，找到了1658个结果。因为这个是最新的报道，因此极有可能是最近发表的文章，那在PubMed里把结果根据时间先后顺序进行排序，如下设置。 当然，这个也是 PubMed 的默认排序方法，其实不用设置也可以的。嘿嘿。 现在一个个往下看，我当时打开的是第一篇，但是一看就直接毙掉了，因为题目中带了一个「bumblebees」，这肯定不是，因为这个研究是关于人的，不可能是研究大黄蜂的。 下面就看的仔细些了，不过很幸运，第5个文献直接一看题目就极可能是「 Oleogustus: The Unique Taste of Fat 」，打开摘...

作为生物医学科研人员，经常会查询PubMed。在国内查询PubMed有两个问题，一是速度比较慢，一是 PubMed 作为一个公益组织，不能显示期刊的影响因子。现在好了， 科研动力 推荐 GCBI ，上述两个问题解决了。 GCBI简介 GCBI (Gene-Cloud of Biotechnology Information) 是由是由上海其明信息技术有限公司（Genminix Informatics Ltd.,Co，Gminix）开发。主要查询和创造基因，在GCBI能够发现基因的新特征，创造不同的机体状态下的新基因组合，这里还可以发现基因的最新信息、陈旧信息，这些信息和疾病、药物、生理状态有关，和生命的任何一个阶段、任何一个器官、任何一种细胞有关。 但是GCBI不仅如此，还可以查询PubMed的文献，现在GCBI有超过20TB的知识数据存量，能够让我们研究者更高效利用Pubmed 的方法，帮助用户发现更新、更可靠、更全面、更精准的医学信息。 GCBI还带有词典，主要是基因词典，包含基因产物的信号通路、基因功能、转录本序列、调控基因的miRNA、基因多态性及其人群分布特征、蛋白信息。最重要的是，有关一个基因的最新文献特征，将不断地积累在这个基因的故事中。 GCBI使用方法 GCBI的使用方法很简单，和NCBI差不多，因此如果会在PubMed查询，在GCBI问题就不大。 GCBI最具特色的地方是可以显示查询结果期刊的影响因子。并且可以根据影响因子区间筛查文献。虽然PubMed可以 利用自定义Filter的功能显示期刊的影响因子区间 ， 医学文献助手也有在查询结果中显示期刊影响因子 的功能，但是比起GCBI来还是相对来说不太方便，而且在国内的速度也是一个劣势。 唯一遗憾的是GCBI不支持高级查询，不过相信将来可能这个功能会添加吧。GCBI也不支持PubMed的检索式和布尔检索式，这个如果查询起来不是那么方便。 不过好在GCBI左侧有限制条件，右侧还有筛选条件，这也算一个高级查询的变相功能吧。 最后放上GCBI的网站： https://www.gcbi.com.cn/

有时候我们经常看到某篇文献的一句话，可能是在其他论文或者网站中引用的，可是却没有给出出处，如何通过这句话才能找到原文呢？或者更有甚者，有的文章只给出了其中的一个作者或者其他一些信息，如何通过这些信息找到原始文献出处呢？ 科研动力 本文就两个例子说明一下，希望对大家有所帮助。 通过一句话找到原始文献出处 首先看看如何通过一句话找到原始文献的出处。其实这个问题是看到丁香园某个网友问的，那我就借用他给出的这句话找找原文。 这位网友给出的这句话是这样的 it is therefore not too surprising that epidermal cells secreted less kgf in AhR-deficient cultures, in particular as the gene has four putative xenobiotic-responsive elements in its promoter. 看这句话的意思是：因此在无AhR成分(这鸟是什么不用管，这东西要联系上下文才能知道是什么)培养情况下，表皮细胞分泌较少的kgf(这厮也要看上下文才可明白是什么)也就不会大惊小怪了，尤其是这个基因在启动子处有4个可能的外源性反应元件。 大致就这个意思。根据这句话的意思推测很可能是生物医学方面的文章，那生物医学方面的文章查询首推PubMed了。 因此 打开PubMed ，直接把这句话输进去看看。我去，直接显示「No items found」。 是不是关键词太长了，因此可以减少一些关键词看看。从这句话中我们可以了解这句话最主要的几个词是「epidermal cells 」，「kgf 」，「AhR」，「cultures」和「gene」。因此用这几个关键词重新检索一遍看看。输入「epidermal cells kgf AhR cultures gene 」，检索一看还是显示「No items found」。 看来这篇文献的杂志 PubMed 很可能没有纳入到数据库中。肿么办？ 这时候就需要Google了。打开Google，输入「it is therefore not too surprising that epidermal cells secreted less kgf in AhR-deficient cultures, in particular...

在 利用PubMed Filters筛查文献质量 中是根据2013年的 影响因子 制作了PubMed筛查文献影响因子的Filter。2014年的影响因子早出来了，但是一直没空更新Filter，今天抽空根据最新的2014年的影响因子更新了PubMed筛查文献影响因子的Filter。 筛查影响因子Filter2015精编版特点 1. 可以分辨 PubMed 检索文献的期刊是否是SCI期刊 2. 可以根据不同的影响因子区间筛查检索结果 3. 影响因子区间分为3以下，3-5分，5-10分和10分以上等4个区间，比2014版的Filter多了一个3分以下的区间，文献区分更详细 4. 所有期刊经过手工甄别和精选，删除掉PubMed未收录的期刊。 这里的删除是尽量删除PubMed未收录的期刊，并不是全部清除掉未收录期刊。毕竟2014年的SCI期刊多达8500个，我一个个的验证累也累死我了。不过还是删除了大部分未收录期刊。 5. 根据最新的2014年影响因子制作 使用方法 首先要有一个PubMed账号，这不费话吗。 其次依次进入「My NCBI」→「Filters」→「Manage Filters」→「Creat custom filters」，然后输入我们自己的检索式。然后选中Filter激活即可使用。详细的图文教程可以参阅 利用PubMed Filters筛查文献质量 。 PubMed筛查影响因子Filter2015精编版下载地址： http://pan.baidu.com/s/1dD0FVRb 密码: 7csp

如何查找全文是一个老生常谈的问题，也是大家很关心的问题。如果是校内网，而学校又购买了很多数据库，查找全文并不是困难的事情。但是如果是外网，没有数据库的情况下，查找全文就相对麻烦了。网络上也有很多教程， 科研动力 在此仅说说我自己的看法和方法。下面的方法是最基本的和最简单的，高手可以忽略。我觉着查找全文，关键是耐心，耐心再耐心。 PMC PMC 是PubMed收录免费文献的地方，所有在PMC查找到的文献都有全文链接，每个文献都有对应的PMCID号( PMID和PMCID的区别 )，查找方法同PubMed的方法一样。 但是PMC相对于 PubMed ，收录的文献还是少很多，毕竟免费的东西还是少的。 PubMed PubMed 主要收录生物方面的文献，在PubMed上有下面几种情况。 1. PubMed有全文链接 在PubMed输入检索式或者检索词，如果文献有免费全文，在文献的下方都有「Free Article」标识。 还可以通过左侧的「Free full text」限制条件只显示有全文的文章。 2. PubMed没有全文但是打开链接可以找到全文 在 PubMed 查找文章时，有时候有的文章并没有给出「Free Article」标识，但是此时也不要气馁，可以打开文章链接，有时候有的文章就有全文链接。 如 The cancer that rises with the sun 这篇文章，PubMed并没有全文标识，但是我们打开链接后，右上方有个「Full text links」，打开这个链接即可下载到全文。 3. PubMed没有全文，打开链接后需要注册方可下载全文 在PubMed中，有的文章没有全文标识，打开文章链接后通过右上方「Full text links」的链接也下载也不能下载全文，但是提示我们要注册一个账号。此时查以尝试注册一个账号试试，说不定就可以下下载到全文。 如 Trends in melanoma mortality among non-Hispanic whites by educational attainment, 1993-2007 这篇文章，在PubMed我们打开链接后可以看到摘要，通过右上方的「Full text links」下载全文时，网站提示要登陆或者注册。 此时我们注册并登陆账号就要以下载到全文。 Google 如果在PubMed通过...

在 EndNote在线检索时出现windows error 12007错误的解决方法 一文中 科研动力 就12007错误给出了一种解决方法。但是有的童鞋最近反应有进 EndNote 开始还用的好好的，但是有时打开后突然出现windows error 12007错误，而且服务器设置也正确无误。这是怎么回事呢？ 其实，这是 PubMed 被墙的缘故。可能PubMed本身并不是墙的目标，但是PubMed可能处于被墙对象的IP段，导致了某些网站被墙的时候，PubMed也殃及池鱼，同样被墙在外了。因此，此时利用EndNote再打开Online Search的时候，出现了windows error 12007 错误 。 EndNote出现windows error 12007错误解决方法 首先可以通过浏览器打开PubMed的官方网站 www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 看看能否正确打开。如果能打开PubMed官网，那么如果按照 EndNote在线检索时出现windows error 12007错误的解决方法 一文中的方法确认修改网络地址。如果在浏览器中打不开PubMed的官网，那么PubMed极可能被墙了。此时如果想windows error 12007错误，只能挂代理了。 代理的话不想多说，有很多软件，各有所好，自行查找吧。找到软件就是设置的问题了。每个软件的设置方法并不一样，在此我就不谈，自行问谷歌或者度娘吧。 如果想能有一个相对稳定的上网，要以考虑 安全上网 ，我觉着还是不错的。

利用 RSS阅读器 及时了解最新研究进展和期刊最新文章。对于最新的研究进展和关注期刊最新发表的文章，可能是每个科研人员关心的问题。对于最新的研究进展和期刊最新文章怎么看，难道一个个去期刊主页看吗？这有点费劲。其实有更好的方法，利用 RSS阅读器 就可以及时了解最新的研究进展和期刊最新发表的文章。 科研动力 本文就简要介绍一下如何利用RSS阅读器及时了解最新研究进展和期刊最新文章。 RSS阅读器的选择 工欲善其事，必先利其器。在利用 RSS阅读器 订阅最新研究进展时，选择一个好用的RSS阅读器是必不可少的。如何选择合适的RSS阅读器，科研动力在 后Google Reader时代 该选择哪种RSS阅读器 一文中作过自我使用体验，您可以参考一下。 利用RSS阅读器及时了解PubMed等检索平台最新研究进展 现在的著名的查询平台，比如 科研动力 曾经介绍过的 常见文献检索平台或学术搜索引擎简介 基本都支持RSS订阅。现在以PubMed为例说明一下如何把最新研究进展订阅到 RSS阅读器 。 首先在 PubMed 检索文献，然后在检索框的下方有个「RSS」按钮，选择会出现新的对话框，在此可以对订阅数，订阅名称进行自定义，然后「Create RSS」即可。然后选择「XML」按钮，把新打开的网址复制一下。 在 RSS订阅器 中添加所复制的网址即可。其它检索平台的检索结果类似。 利用RSS阅读器订阅期刊最新发表文献 现在著名的期刊都有RSS订阅，虽然自从Google Reader死后，RSS哀悼声一片，但是RSS订阅并没有死。科研动力以著名的Lancet为例说明一下。 在Lancet的官网就有一个大大的RSS订阅按钮，打开以后会有以下订阅选项，选择自己喜欢的订阅就是。 Current Issue Current issue RSS feeds list the latest contents of the selected journal, with article summaries. The Lancet The Lancet Diabetes & Endocrinology The Lancet Global Health The Lancet Infectious Diseases The Lancet Neurology T...

EndNote 导入HubMed文献的方法。HubMed是什么？HubMed和 PubMed 什么关系？本文就简要介绍一下HubMed 导出文献 并导入到 EndNote 的方法。 HubMed是什么 HubMed（ www.hubmed.org ）不是PubMed，但是和 PubMed 有剪不断理还乱的关系。 HubMed由 Alf Eaton 开发，HubMed可以检索PubMed的数据库，是一个第三方检索PubMed数据库的在线检索平台。简言之，HubMed是另外一个检索PubMed数据库的入口，HubMed之于PubMed，正如丁香园的文献求助（ paper.pubmed.cn ）之于 PubMed 。 打个比方可能更清楚，从A到B，PubMed是官道，但是有时可以不走官道，还有其它很多路可走，HubMed和丁香园的文献求助就是其中的一部分第三方道路。 既然HubMed可以查询PubMed数据库，PubMed也可以查，为毛HubMed还有存在的必要。第三方道路既然存在，肯定有其特色，有其不同同方官方的自身特点。这些特点可能就是部分人需要的。 HubMed查询特点 1. 可以提供查询结果的RSS订阅 。这个我想是HubMed以前最大的优点。为何说是以前？因为过去PubMed并不提供RSS订阅，对于想了解特定主题和杂志最新研究进展的人来说，RSS订阅的作用就很大了。对于检索结果进行订阅，可以不用再次检索只通过RSS阅读器就可以清楚的了解特定主题又有何最新研究发表，可以跟踪世界上研究方向变化。但是现在PubMed也提供了检索结果RSS订阅，因此，HubMed于2013年12月13日停止的检索结果RSS订阅功能。 2. 对检索结果进行日期筛选。检索某一关键词如果可能很多，但是我只想了解最进一年发表的文章怎么办？HubMed有个日期选项，轻松的实现检索结果日期限制。话说PubMed现在也有此功能。 3. 对检索结果进行相关性筛选。有时开始检索时关键词可能并不准确或者太泛。但是随着检索的深入，发现某一研究文献就是需要找的。HubMed有个相关性筛选，通过「Related」功能轻松实现相关性研究筛选。话说PubMed现在也有这个功能。 4. 社会化和评分。我想这个是HubMed最大的特点了。如果使用HubMed自身的界面进行查询的话，查询结果会有Twitter。这个标...

文献检索除了常见的 PubMed ， OVID ， EMBASE 以及各大出版公司的检索平台外，各搜索引擎也提供检索平台，可以进行学术搜索。本文就常见的学术搜索引擎或者文献检索平台作一简要介绍 Pub Med PubMed 再多语言也无法描述她的强大了。 PubMed 是一个免费的搜索引擎，是NLM所属的国家生物技术信息中心（NCBI）于2000年4月开发的，基于WEB的生物医学信息检索系统（ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ ），提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要。它的数据库来源有： MEDLINE 、OLDMEDLINE、Record in process、Record supplied by publisher等，数据类型：期刊论文、综述以及与其他数据库链接。其核心主题为医学，但亦包括其他与医学相关的领域，像是护理学或者其他健康学科。它同时也提供对于相关生物医学资讯上相当全面的支援，像是生化学与细胞生物学。 PubMed 的资讯并不包括期刊论文的全文，但可能提供指向全文提供者（付费或免费）的连结。 PMC PubMed Central （ PMC ）免费全文期刊数据库，点击 PubMed 主页下边的 PubMed Central ，进入PMC主页（ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/ ）。PMC是期刊文章全文的电子档案，提供其内容的免费检索和免费全文下载。PMC高级检索具有与PubMed相同的文献检索功能，且检索出的文章直接链接到免费全文，而 MEDLINE 联机数据库没有这一服务。 OV ID OVID 也很强大，但是这厮收费。OVID覆盖了1950至今的文献。OVID数据库系统是由美国 OVID 公司开发，其期刊全文数据库收录了1200多种由60多个出版商出版的科学、科技及医学期刊，收录年限由1993年至今，其中临床医学889种，行为科学与社会科学414种，生命科学327种，护理学88种，物理科学与工程学286种，心理与精神医学53种。 OVID 可以检索 MEDLINE 数据库，而且还可以其它诸职EBASE等多种数据库。 EMBASE.com EMBASE.com是 EMBASE 与 MEDLINE 强强联合而成的生物医学与药理学信息专业检索引擎。EMBASE.com将1974年以...

文献检索除了常见的 PubMed ， OVID ， EMBASE 以及各大出版公司的检索平台外，各搜索引擎也提供检索平台，可以进行学术搜索。本文就常见的学术搜索引擎或者文献检索平台作一简要介绍 Pub Med PubMed 再多语言也无法描述她的强大了。 PubMed 是一个免费的搜索引擎，是NLM所属的国家生物技术信息中心（NCBI）于2000年4月开发的，基于WEB的生物医学信息检索系统（ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ ），提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要。它的数据库来源有： MEDLINE 、OLDMEDLINE、Record in process、Record supplied by publisher等，数据类型：期刊论文、综述以及与其他数据库链接。其核心主题为医学，但亦包括其他与医学相关的领域，像是护理学或者其他健康学科。它同时也提供对于相关生物医学资讯上相当全面的支援，像是生化学与细胞生物学。 PubMed 的资讯并不包括期刊论文的全文，但可能提供指向全文提供者（付费或免费）的连结。 PMC PubMed Central （ PMC ）免费全文期刊数据库，点击 PubMed 主页下边的 PubMed Central ，进入PMC主页（ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/ ）。PMC是期刊文章全文的电子档案，提供其内容的免费检索和免费全文下载。PMC高级检索具有与PubMed相同的文献检索功能，且检索出的文章直接链接到免费全文，而 MEDLINE 联机数据库没有这一服务。 OV ID OVID 也很强大，但是这厮收费。OVID覆盖了1950至今的文献。OVID数据库系统是由美国 OVID 公司开发，其期刊全文数据库收录了1200多种由60多个出版商出版的科学、科技及医学期刊，收录年限由1993年至今，其中临床医学889种，行为科学与社会科学414种，生命科学327种，护理学88种，物理科学与工程学286种，心理与精神医学53种。 OVID 可以检索 MEDLINE 数据库，而且还可以其它诸职EBASE等多种数据库。 EMBASE.com EMBASE.com是 EMBASE 与 MEDLINE 强强联合而成的生物医学与药理学信息专业检索引擎。EMBASE.com将1974年以...

PMID和PMCID的区别在于编号的系统不一样，PMID是 PubMed 为每一篇文献给予的特定编号，而PMCID是PMC为每一篇文献给予的特定编号。有PMID号码的文献一定会有PMCID号码，而有PMCID号码的文献并不一定有PMID号码。 在 PubMed 查询文献的时候，经常会看到PMID和PMCID号码，而有的文献只有PMID号码，而没有PMCID号码。两者之间有何区别和联系？兴趣驱使，研究了一下。 PMID PMID是NIH（ National Institutes of Health ，美国国立卫生研究院）为PubMed搜索引擎中收录的文献的一个编号。PMID的作用类似于书籍的国际标准书号(ISBN)，或者人的身份证，每一篇文献对应的一个PMID号码，通过PMID号码我们就可以找到唯一对应的文献。 PubMed 收录了多少文献，就有多少PMID号码。因此PMID号码会一直增加下去。 我们可以在 PubMed 查询一下，PMID号码为1的是一篇1975年发表于Biochem Med的文献：Formate assay in body fluids: application in methanol poisoning。作者是Makar AB。 那是不是 PubMed 收录的最早的文献就是1975年的？事实并不是如此，在PubMed上可以查到1950年的文献，比如这篇：AYRES JC , FEEMSTER RF. Serologic tests in the diagnosis of infectious diseases. N Engl J Med. 1950 Dec 28;243(26):1034-43. 但是它所对应的PMID号码是：14785777。 具体怎么编码的我想应该是从1975年文献就开始电子化了，或者1975年PubMed成立，就从当年的文献开始编号PMID。而之前的文献是经过电子化后又后来编入的，因此PMID号码就大。另外一个原因可能是MEDLINE只收录了1975年以后文章，PubMe根据随MEDLINE的文献进行编号。而1975年以前的文献是逐步加入的。但是具体原因我不清楚，只是猜测而已。 迄今为止，PMID号码已达8位数，打头数字是2。 如果知道PMID号码，可以直接在 http://www.ncbi.nlm.nih.go...

PMID和PMCID的区别在于编号的系统不一样，PMID是 PubMed 为每一篇文献给予的特定编号，而PMCID是PMC为每一篇文献给予的特定编号。有PMID号码的文献一定会有PMCID号码，而有PMCID号码的文献并不一定有PMID号码。 在 PubMed 查询文献的时候，经常会看到PMID和PMCID号码，而有的文献只有PMID号码，而没有PMCID号码。两者之间有何区别和联系？兴趣驱使，研究了一下。 PMID PMID是NIH（ National Institutes of Health ，美国国立卫生研究院）为PubMed搜索引擎中收录的文献的一个编号。PMID的作用类似于书籍的国际标准书号(ISBN)，或者人的身份证，每一篇文献对应的一个PMID号码，通过PMID号码我们就可以找到唯一对应的文献。 PubMed 收录了多少文献，就有多少PMID号码。因此PMID号码会一直增加下去。 我们可以在 PubMed 查询一下，PMID号码为1的是一篇1975年发表于Biochem Med的文献：Formate assay in body fluids: application in methanol poisoning。作者是Makar AB。 那是不是 PubMed 收录的最早的文献就是1975年的？事实并不是如此，在PubMed上可以查到1950年的文献，比如这篇：AYRES JC , FEEMSTER RF. Serologic tests in the diagnosis of infectious diseases. N Engl J Med. 1950 Dec 28;243(26):1034-43. 但是它所对应的PMID号码是：14785777。 具体怎么编码的我想应该是从1975年文献就开始电子化了，或者1975年PubMed成立，就从当年的文献开始编号PMID。而之前的文献是经过电子化后又后来编入的，因此PMID号码就大。另外一个原因可能是MEDLINE只收录了1975年以后文章，PubMe根据随MEDLINE的文献进行编号。而1975年以前的文献是逐步加入的。但是具体原因我不清楚，只是猜测而已。 迄今为止，PMID号码已达8位数，打头数字是2。 如果知道PMID号码，可以直接在 http://www.ncbi.nlm.nih.go...

利用 PubReMiner 汇总分析 PubMed 查询结果提高查询效率，可以对 PubMed 查询结果进行汇总分析，不仅可以明显的提高 PubMed 查询效率，而且还可以掌握最新的研究动态。 PubReMiner 是 PubMed 资料分析工具，可以对 PubMed 查询结果进行汇总分析，并且按照不同有的显示方式显示出来。从而对 PubMed 的查询结果有个总体把握和认识。 PubReMiner 可以统计的项目有出版年份、期刊、作者、国家、MeSH等等很多内容。 这方面的工具也有其它优秀应用，如 Web of Knowledge ，可是它却是收费的。相反， PubReMiner 却是免费的！如此优秀的应用怎能不介绍给大家。废话少说，来看看如何使用。 使用方法 首先要进入 http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi ，界面如下。 在「Start remining PubMed for」输入 PubMed 检索式。 PubMed 检索式如何编写？可以利用 PubMed 高级搜索功能编写。当然，如果您是检索大牛的话，对于 PubMed 检索式了然于胸，也可以直接编写。反正我不会，记不住那么多规则，我只会「Advanced Search」。 我以曾经检索过的一个检索式来说明一下。 把输入 PubMed 检索式「(((HIV[MeSH Terms]) AND tuberculosis[MeSH Terms])) OR ((tuberculosis[MeSH Terms]) AND AIDS[MeSH Terms])」输入到「Start remining PubMed for」，其它默认即可。 然后「Start PubReMiner」，会得到一个界面。 在新界面中「Search with Manual Adjustment」 命中2821篇文献，可是默认显示的是1000篇。把「Abstract Limit」调成10000篇。 如果想显示快些，可以把右侧的「columns to display」不显示「mesh」「substance」和「word」。 之后会得到如下结果 PubReMiner 已经把所有文献按照发表年代，杂志，作者等分类了。 从这个结果中我们可以看到，发表此类文章最多是的 Lance...

利用 PubReMiner 汇总分析 PubMed 查询结果提高查询效率，可以对 PubMed 查询结果进行汇总分析，不仅可以明显的提高 PubMed 查询效率，而且还可以掌握最新的研究动态。 PubReMiner 是 PubMed 资料分析工具，可以对 PubMed 查询结果进行汇总分析，并且按照不同有的显示方式显示出来。从而对 PubMed 的查询结果有个总体把握和认识。 PubReMiner 可以统计的项目有出版年份、期刊、作者、国家、MeSH等等很多内容。 这方面的工具也有其它优秀应用，如 Web of Knowledge ，可是它却是收费的。相反， PubReMiner 却是免费的！如此优秀的应用怎能不介绍给大家。废话少说，来看看如何使用。 使用方法 首先要进入 http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi ，界面如下。 在「Start remining PubMed for」输入 PubMed 检索式。 PubMed 检索式如何编写？可以利用 PubMed 高级搜索功能编写。当然，如果您是检索大牛的话，对于 PubMed 检索式了然于胸，也可以直接编写。反正我不会，记不住那么多规则，我只会「Advanced Search」。 我以曾经检索过的一个检索式来说明一下。 把输入 PubMed 检索式「(((HIV[MeSH Terms]) AND tuberculosis[MeSH Terms])) OR ((tuberculosis[MeSH Terms]) AND AIDS[MeSH Terms])」输入到「Start remining PubMed for」，其它默认即可。 然后「Start PubReMiner」，会得到一个界面。 在新界面中「Search with Manual Adjustment」 命中2821篇文献，可是默认显示的是1000篇。把「Abstract Limit」调成10000篇。 如果想显示快些，可以把右侧的「columns to display」不显示「mesh」「substance」和「word」。 之后会得到如下结果 PubReMiner 已经把所有文献按照发表年代，杂志，作者等分类了。 从这个结果中我们可以看到，发表此类文章最多是的 Lance...

利用 PubMed Filters筛查文献质量：在PubMed中自己设置Filters，仅显示高影响因子文献。 PubMed 上查询到的文献并不一定是 SCI 文献。因为PubMed是一个公共免费的查询平台， 并不会显示影响因子 IF 。怎么让 PubMed 查询文献时同时显示文献的 IF ？这个可以利用「医学文献助手」可以做到这一点。请参阅： 利用医学文献助手筛查PubMed文献质量 。 但是如果我们并不想安装插件，或者我还在使用IE浏览器怎么办？其实虽然 PubMed 本身不显示 IF ，但是我们可以改造一下 PubMed 。 注册账号 首先要进入PubMed： http://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ ，注册一个账号，在右上角。 注册完毕登陆，依次进入「My NCBI」→「Filters」→「Manage Filters」→「Creat custom filters」，然后输入我们自己的检索式。 检索式的编写 一般我们认为如果一篇文献的 IF ≥5，其就是不错的文献了。因此，在检索式中我们输入 IF ≥5的文献。 怎么知道一个期刊的影响因子？ 其实每年汤森路透（Thomson Reuters）都会发布上一年的影响因子。网上也到处都是 IF 下载，您也可以下载这一个： http://www.400gb.com/file/31841788 打开下载得到的文件，然后利用EXCEL的筛查功能，把 IF≥5的期刊全部筛查出来。 然后无格式复制到Word，利用Word的替换功能把回车符号替换为”[journal] or ”。删除文末的多余的or”，并在文首加一英文半引号。将所得到的内容复制到上述PubMed的「Query terms」，并取名IF≥5，保存检索式。 注意： or前后都有一英文空格！！！ 引号为英文引号！！！ 好了，搜索一下看看效果。 在 PubMed 搜索AIDS得到了215509篇文献，点击右侧的IF≥5 Filter，只有 34814篇文献，这些文献都是影响因子IF≥5的文献。 如果您缣麻烦，又是英文空格，又是英文引号的。而且还要排序。可以利用我做好的Filter。用记事本打开复制到「Query terms」保存即可。 IF≥3 Filter： http://www.400gb.com/file/...

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利用医学文献助手筛查 PubMed 文献质量，安装文献助手后在 PubMed 查询文献就会显示文献的影响因子。我们可以认为影响因子高的文献其研究质量也就高。 IF 是评价学术期刊和文献质量高低的一个重要指标，当然这个指标并不定完全合理。但是，在当今信息爆炸的年代，我们也只能认为 IF 高的期刊和文献其研究质量也就高。 PubMed 上查询到的文献并不一定是 SCI 文献。因为PubMed是一个公共免费的查询平台， 并不会显示影响因子 IF 。怎么让 PubMed 查询文献时同时显示文献的 IF ？这个可以利用「医学文献助手」可以做到这一点。而且虽然是「医学文献助手」，但是其适用范围并不局限于医学。 医学文献助手简介 医学文献助手是蔡亮创作的一款非常实用的扩展。蔡亮何许人也，我不知道。但是其出品的医学文献助手很好用。 现在有Chrome，Firfox，Safari扩展，但是还是以Chorme的最为强大。 现在Chrome的有两个版本： 一个是全功能版： https://chrome.google.com/webstore/detail/the-paper-link-for-pubmed/kgdcooicefdfjcplcnehfpbngjccncko 一个是有限版： https://chrome.google.com/webstore/detail/the-paper-link-for-pubmed/emdponcknibglcjeidbemionclljooao/details 其实两个版本的功能差不多，只是全功能版比有限版多了些功能，如保存功能。但是全功能版本的权限要求很大，需要访问所有网站上的数据，并访问标签页和浏览活动。而有限版的权限要求较少，仅访问相关6个网站上数据以及标签页和浏览活动。 个人认为本软件仅访问相关网站的数据相对合理，因此对全功能版的所有数据访问不能理解。因此现在使用的是有限版。 从上面地址下载安装后，选择选项，有几个选条目可以设置。下面一一简要说明一下。 API：此项建议连接the paper link，连接后有许多功能，软件上也说了 点击“…”可以有更多功能 可以从作者的服务器得到更多的回应，以及更少的错误 可以通过“Save it”保存文献 可以根据自己的需要收到提醒 但是，如果想实现上述功能，...