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使用cBio Cancer Genomics Portal综合分析癌症基因和临床资料

作者: brainu 发布于：
cBio Cancer Genomics Portal 提供了研究分析癌症基因数据的可视化工具， cBioPortal 可以帮助癌症组织和细胞学研究得到的分子学数据认识和理解遗传、表观遗传、基因表达和蛋白质组学。通过自定义数据的交互界面要以主研究人员探求研究基因改变和临床之间的联系。 cBioPortal 提供了图形化的结果，使复杂的癌症基因组学资料更易理解和接受，而不需要特殊的生物信息学知识。 cBio Cancer Genomics Portal简介 大样本癌症基因组计划，如如癌症基因图谱(Cancer  Genome  Atlas, TCGA, http://cancergenome.nih.gov/ )和国际癌症基因组联盟(The International Cancer Genome Consortium, ICGC)，得到了大量的有关癌症基因组的资料，但是这些资料对于研究人员来说，如何整合、探索和分析，是一个比较困难的事情，尤其是对于那些电脑水平欠佳的人来说，更是一件头疼的事情。cBio Cancer Genomics Portal( http://cbioportal.org/ )的出现就是为了减少这种难度的。 cBioPortal方便了研究人员探求多维癌症基因组数据，它要以可视化分析基因、样本和数据类型。我们可以对癌症研究中的样本的基因改变进行可视化，比较基因改变频率，或者综合分析单一样本中基因组改变。cBioPortal还可以研究生物学途径，生存率等等。 cBioPortal 整合的基因数据类型包括体细胞突变，DNA拷贝数改变，mRNA和microRNA表达，DNA甲基化，蛋白丰度以及磷蛋白丰度。迄今为止，cBioPortal包含了10已发表的肿瘤研究结果和20多个TCGA的结果。每个肿瘤样本和数据可以从网站上下载。cBioPortal把这些复杂的数据从基因水平上进行了整合和简化，每个样本可以查询特定的生物学特性，如基因突变，纯合子缺失，基因扩增，mRNA和miRNA的增加或减少，蛋白质的增加或减少等。这让研究人员可以查询每个基因和样本的基因改变，验证一些假设。 cBioPortal的数据来源和分析选项来源于多个网站，如TCGA data portal ( https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/) , the IC...
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cBio Cancer Genomics Portal：研究多维癌症基因组学的开放平台

作者: brainu 发布于：
cBio Cancer Genomics Portal 是一个多维癌症基因组学的开放平台，迄今提供20项肿瘤研究的5000余种肿瘤样本的免费数据。 cBio Cancer Genomics Portal 明显减少了复杂的基因组数据和肿瘤研究者希望快速、直观和高质量的大型肿瘤基因研究中得到研究分子特性和临床特征之间的距离，并且授权研究人员把这些丰富的数据研究出生物学的特点和应用于临床。 cBio Cancer Genomics Portal简介 随着基因测序成本的降低，以及一些国家和国际组织的努力，如癌症基因图谱(Cancer  Genome  Atlas, TCGA, http://cancergenome.nih.gov/ )和国际癌症基因组联盟(The International Cancer Genome Consortium, ICGC)，肿瘤基因组学的研究取得突飞猛进的发展。但是现在的癌症研究结果并不能直接的应用于癌症预防和治疗，阻碍了把基因组学得到的数据应用于肿瘤生物学领域、临床实验、药物开发等等。cBio Cancer Genomics Portal( http://cbioportal.org/ )由纪念斯隆-凯特琳癌症中心(Memorial  Sloan-Kettering Cancer  Center, MSKCC)资助，主要用于解决大样本肿瘤基因组学研究所得到的大量数据问题，以利于大样本肿瘤基因组研究结果更容易和更直接的应用于肿瘤研究（图A）。 图处来源于The cBio Cancer Genomics Portal: An Open Platform for exploring Multidimensional Cancer Genomics Data cBio Cancer Genomics Portal迄今包含5个发表的肿瘤数据，15个TCGA提供的数据。TCGA提供的数据根据TCGA的研究进展每月都会更新，并且如果TCGA增加了新的肿瘤，cBio也会随之添加。发表论文的肿瘤数据包括含有基因突变数据，但是TCGA提供的数据并不包含这些。TCGA的每个肿瘤类型一但确定，并且验证了体细胞突变，TCGA会提供突变数据， cBio 也会随之添加突变数据。除了突变数据，cBio还有一些拷贝数变化、基于微陈列和RNA测序的mRNA表达改变，DNA...
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PDF-XChange Viewer Pro (2.5.322.8) 中文绿色增强特别版

作者: brainu 发布于：
PDF-XChange Viewer Pro version 2.5.322.8 发布于 2018 年 1 月 23 日，是 PDF-XChange Viewer 最后一个版本。今后 PDF-XChange Viewer 就被 PDF-XChange Editor 所代替。本次提供给大家的是中文绿色特别增强版。@howsci PDF-XChange Viewer 始终以最小的体积，最快最可靠的性能为用户创建世界最佳的 PDF 全能软件。它采用领先的优化和压缩技术、高级内存管理支持对 PDF 进行查看、创建、转换为 Office 文档、添加编辑或修改、提取 PDF 图像、文本、为 PDF 文档添加水印、直接扫描到 PDF 等全能操作。 本版特点 1. 绿色便携，无需安装，解压即可使用； 中文界面； 特别版，可选择使用免费版或者升级为 Pro 版； 支持 32 位和 64 位操作系统。 使用方法 PDFX_Vwr_Port 压缩文件中为主程序，解压到一个目录中。建议不要直接解压到根目录或者解压到当前文件夹，建议解压到一个特定文件夹，如 PDFXCview。此时是免费版，有一定广告，功能上有一定限制，但是一般使用无压力。 PDFX_Vwr_Port_OCR 压缩文件中为 OCR 识别文件，解压到 PDF-XChange Viewer 的目录文件即可使用文字识别。 Howsci.com_PDFXChange_Viewer_PRO_Crack 压缩文件中是破解论据，根据自己操作系统的不同，复制 X86 或者 X64 文件夹内的文件到 PDF-XChange Viewer 程序目录，替换 PDFXCview.exe 即可。注：如果是32 位操作系统，复制 X86 里面的文件，如果是 64 位操作系统，复制 X64 文件夹内的文件。 下载地址 https://howsci.pipipan.com/fs/1583321-237058340 链接: https://pan.baidu.com/s/1jJyUD18 密码: a1un
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EndNote修改引文格式的方法

作者: brainu 发布于：
每个杂志的引文格式要求不一样，虽然EndNote包含了上百种的杂志格式，但是也不万能的，尤其是对中文杂志的格式没有一个收录。遇到这种情况该怎么办？我们可以通过修改现有格式或者新建格式来实现。由于新建格式太麻烦，因此找一个相近的格式来修改更简便。 找到一个与杂志要求引文格式相似的EndnNote格式。现在以「Numbered」格式为例。 依次打开「File」→「Output Styles」→「-Edit」→「Numbered」。 依次打开「Bibliography」→「Author Lists」，先修改作者的格式。这里是修改作者之间的分隔符是什么，另外如果是多个作者，需要显示前几个作者，最后的省略号是什么，中文的一般要求等。如果有书籍，还需要修改「Editor Name，」方法类似。 最重要的是修改「Templates」，主要是修改「Jounal Articl」。这里可以修改作者、题目、年份、卷期的格式及其之间如何分隔。有的杂志是点，有的杂志是空隔。不一样，根据杂志要求修改吧。如果有书籍，还需要修改「Editor Name」，方法类似。 所有修改完毕后保存为新的引文格式，再回到Word或者EndNote根据新的引文格式格式一下引文即可。 PS： 有的文章是中英文文献都有，而大多数杂志对中英文的格式有很小的差异，主要表现在作者的处理上，如果作者过多，未显示的作者英文多是。et al. 而中文是等。这时候只有手动了。根据中文与英文文献的数量的多少照顾一下多的，把少的部分手动修改一下即可。不知道还有没有其它的方法，反正我不知道。或者我想可以参考这篇文章： 同一文章的不同部分EndNote插入文献的方法 。但是相比较来说更麻烦，还不如手动。
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如何在网上找到一名专家的简历

作者: brainu 发布于：
今天看到网友 @ 秦迪 的留言，问「美国教育家埃弗森简介有人知道吗，真的找不到。提出了课堂管理的。」 其实找一个普通人的简历还真不太好找，但是找一名知名专家的简历还是比较好找的。下面说说如何查找专家的简历。 我们来看这个问题，提供了如下几个信息。 名字叫埃弗森，但也可能翻译错误，因为我们知道美国有个知名篮球明星就叫「艾弗森」。所以在不知道原来英文名字的情况下，我们暂且认为这个专家就叫埃弗森吧。 关键词：美国教育学家 提出了一个理论或者研究对象是课堂管理的。 现在我们就知道这三点。如果我想找某个人，可能所知道的线索可能比这还要多。 下面我们来借助搜索，不要度娘，度娘这辈子可能都找不到。也不需要bing，因为bing中文就是中文，英文就是英文。我们需要借助伟大的Google同学。 在google里输入关键词「美国教育家埃弗森 课堂管理」搜搜看。出来的结果如下 从这个搜索结果中我们可以推测到， 埃弗森真名可能叫「Evertson,C」，有一本著作叫「有效地管理你的课堂——小学教师的课堂管理」，其他有用的信息较少。这本书还有另外两名作者，一个叫「emmer,e」。 我们再找个关键词搜索一下。以关键词「evertson,c emmer,e」进行搜索，发现 埃弗森 应该叫「Carolyn M. Evertson」进行搜索，有用的信息更多了。 比如 Carolyn M. Evertson Vanderbilt University | Vander Bilt · Department of Teaching and Learning 这更清楚了， Carolyn M. Evertson 是 Vanderbilt University 教授，教学与研究系。继续增加这些关键词，可以找到这么一个网页（https://www.comp.org/ProgLeadership.html）。 简历差不多就这些了吧。甚至我们可以找到范德堡大学的主页，进一步搜索该教授的信息，会发现更多有用的信息，在此不多说了。 比如 carolyn.evertson@vanderbilt.edu (615) 343-0955 Wyatt Center 65 VU Mailbox: 541 总之，找一知名人的简历并不是难事。如我们前面说过的， ...
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Endnote X7 新功能简介

作者: brainu 发布于：
Endnote X7 新功能简介。Endnote X7 2013年发布了，此次升级更新了很多内容，主要是加强了全文管理功能，包括PDF自动导入与自动命名、参考文献群分组功能。下面介绍一下Endnote X7 的主要更新功能。 PDF自动导入：PDF Auto Import Folder 以前可以通过File-Import-File或Fold功能导入文献或者目录。此次Endnote X7的PDF自动导入更省事。可以为Endnote X7指定一个文件夹，只要该文件夹的新的PDF下载，Endnote X7就可以自动导入，完全不用人干预。省事吧！连手动导入都省了。 具体设置 进入Edit→Preferences-PDF Handling，选择Enable automatic importing。在弹出的新窗口中选择自动导入的文件夹，然后确定即可。       只要今后该文件夹内有新文献存入，Endnote X7 就可以自动导入新的文献。 但是注意Endnote X7 不能自动导入完整的资料，有时可以缺少部分内容，如摘要或者页码等等。此时需要手动补齐。因此我个人还是建议在线搜索然后添加附件为最佳。 PDF自动重命名：PDF Auto Renaming Options 以前通过File-Import-File或Fold功能导入的文献或者通过File Attachments添加的附件，PDF文件名都以原始名称。这样做的坏外有很多，因为很多下载的文章名称都是一些无意义的名字，如数字和字母的组合。在Endnote存档文件夹内也是以这些名字命名的。因此找起来很不方便。谁知道一串数字和字母下面的文献是什么内容。需要一个个的打开看看才知道。 此处Endnote X7升级更新了可以自动重命名功能：PDF Auto Renaming Options。可以根据设定的规则自动重命名新添加的PDF文档。 具体设置 Edit-Preferences-PDF Handling，即可选择自动重命名方式。可以根据自己的喜好选择重命名方式，如上Author + Year，今后导入的文献就会均以作者+发表年代命名。 但是此功能仅限于设置了PDF Auto Renaming Options功能之后导入的PDF，以前导入的PDF无效。 PDF导入自动分组：PDF Import &...
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EndNote X9 (12062) 大客户中文汉化版

作者: brainu 发布于：
使用方法 自从汉第一次 汉化 EndNote X7 大客户版 开始，转眼已过去了 3 年。这 3 年之中发生了许多事，我也没有更多的精力来投入到网站的运营和 EndNote 的汉化。不过还是有许多研友，一直在关注科研动力，一直在询问何时能再出 EndNote X9 的汉化版。诚于此，抽空汉化了 EndNote X9 Bld 12062 大客户版。不过悲催的是，我发现还没有汉化完， EndNote X9 又更新了。不过也算是为了纪念一下吧，还是放出来这个最初的 EndNote X9 的汉化版。 还是同以前的汉化版一样，直接把 EndNote_X9_12062_chs.exe 复制到 EndNote X9 的安装目录即可使用。如果双击 EndNote_X9_12062_chs.exe 会启动汉化版，如果双击 EndNote.exe 会启动英文原版。 注意事项 本版本是基于 EndNote X9 大客户版汉化，只能配合 EndNote X9 大客户版使用，其他版本不能保证是否能用； 由于时间仓促，可能会有 bug，希望大家多多指正； 初次打开会提示升级，可以忽略，如果升级过，请关注科研动力的后续汉化； 待添加... 后记 其实现在已有 EndNote 中文版，在这之前，我也曾经说过 EndNote X9 会出中文版 （因为代理汉化的公司在这之前，曾有公司找过我，让我参与 EndNote X9 的汉化，但是由于某些原因，就没有然后了）。但是没有想到 EndNote X9 出来之后，只有个人版有汉化版，大客户版还是只有英文原版。 另外有许多研友一直询问，也是有个交待吧，所以抽时间汉化了一下。此次汉化与以往的汉化版有所不同，一是精校了汉化版的用词和语言，另外一点是不追求过度汉化，适可即可。 不过现在的时间真是不多，这个版本还需要验证，希望大家能多多提出意见。 下载地址： https://howsci.ctfile.com/fs/1583321-361191886
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